У 1920 р. представники православних громад краю вирішили звернутися з проханням про прийняття їх під свою юрисдикцію до архієпископа Олександра (Немоловский), який керував Руською православною місією в США. Через посередництво архієпископа Євлогія (Георгієвський), що очолював православні приходи в Західній Європі, закарпатських православних погодився прийняти під своє керівництво Синод СПЦ. У серпні 1920 р. делегація православних громад зустрілася в Празі з президентом ЧСР Т. Масариком, який дозволив організувати православну церкву на Підкарпатській Русі. 21 серпня 1920 р. сербський делегат єпископ Нішський Досифей (Васіч) прибув в Ужгород та відвідав ряд сіл. 1 грудня 1920 р. Синод СПЦ прийняв рішення про призначення тимчасовим єпископом для православних Підкарпатської Русі Досифей (Васіч). 19 березня 1921 р. Міністерство іноземних справ дозволило йому проживати на території ЧСР. 19 серпня 1921 р. в с. Іза відбувся перший собор представників всіх православних громад, який прийняв ряд рішень: обрав Досифея єпископом, затвердив статут православної церкви. Статут був затверджений Синодом СПЦ, але не був підписаний урядом ЧСР.

2 жовтня 1924 р. в м. Хуст відбули загальні збори православних громад, де була обрана Духовна Консисторія, яка мала право у відсутності єпископа вирішувати всі адміністративні справи в єпархії. Консисторію очолив архімандрит Олексій (Кабалюк), до складу Консисторії входило 5-6 чол.

На початку січня 1927 р. Собор СПЦ призначив єпископом для православних Підкарпатської Русі єпископа Новосадсько-Бачкського Іринея (Чирич). Єпископ Іриней розробив новий проект статуту православної церкви та добився від чехословацького уряду визначення допомоги (конгруа) православному духівництву на підставі закону за №122 від 25 червня 1926 р.

На початку 1928 р. Собор СПЦ відправи на Підкарпатську Русь нового єпископа, ним став єпископ Рашко-Призренський Серафим (Іванович). За його правління уряд ЧСР 6 червня 1929 р. затвердив статут „Карпаторуської Православної єпархії”. За розпорядженням єпископа Серафима від 28 листопада 1929 р. в Хусті створювалася Єпархіальна Рада, яка складалася з чотирьох секцій: 1) Духовного суду, 2) Єпархіального управління, 3) Шкільної секції,  4) Управління монастирями. Обраний церковний орган діяв до 1942 р. За правління єпископа Серафима Міністерство Шкіл и Народної освіти дозволило православному духовенству викладати у державних школах Закон Божий.

Восени 1930 р. замість єпископа Серафима на Підкарпатську Русь приїхав єпископ Бітольський Йосиф (Цвієвич), який поселився в м. Хуст де розташовувалося Єпархіальне Управління. Єпископ Йосиф створив своїм розпорядженням від 19 грудня 1930 р. Раду із представників чернецтва, яка повинна була керувати та слідкувати за функціонуванням монастирів та скитів на території єпархії. 

Починаючи з 1920 і до 1931 рр. православні вірники не мали постійного єпископа, тому 19 вересня 1931 р. Собор СПЦ за згодою уряду ЧСР, обрав постійним єпископом для „Мукачівсько-Пряшівської єпархії” Дамаскина (Грданички). Дамаскин за допомогою чехословацького уряду переніс свою резиденцію в Мукачево, де був збудований окремий будинок. При єпископі Дамаскині було зареєстровано 115 приходів Мукачівсько-Пряшівської єпархії, визнано право православної церкви на дотацію для побудови культових споруд, право священиків на конгруа, викладання в школі, укладання шлюбів.

2 листопада 1938 р. єпископом Мукачівсько-Пряшівським був обраний Володимир (Раїч). Для ефективного функціонування єпархії єпископ Володимир реорганізував Духовну Консисторію: духовний суд, шкільне, монастирське та єпархіальне управління. На чолі цих установ єпископ призначив близьких до себе осіб з місцевого духовенства. Єпископ Володимир відмовився прийняти угорське громадянство і був заарештований угорцями у квітні 1941 р. За його розпорядженням влада на Закарпатті перейшла до ігумена Феофана (Сабова), якого згодом змінив М. Попов.

Всі сербські єпископи намагалися вирішувати питання з освітнім рівнем православного духовенства. Так у 1929, 1933, 1935, 1937 рр. за ініціативи сербських єпископів на Підкарпатській Русі проводилися пастирсько-богословські курси. Чимало представників духовенства отримало богословську освіту в Югославії. У першій половині 20 рр. ХХ ст. лише з числа монахів Миколаївського монастиря в с. Іза в Сремських Карловцях навчалося 3 чол., в Раковіце – 4 чол., в монастирі Св. Стефана в Сербії – 4 чол. У 1927 р. уряд в Хусті видав паспорти для виїзду в семінарію в Цетині наступним 5 особам з с.Іза.  Житель с. Горонда Мукачівського округу І. Мучичка, навчався в духовній семінарії в Сараєві. Згідно повідомлення Тячівського окружного уряду від 1927 р. до Югославії на навчання виїхали: В. Папп з Углі, Д. Федина та М. Країло з Дулова. З Волівського округу навчався в Сараєві житель Колочави В. Мандзюк. У 1928-1929 рр. в богословській семінарії в Сремських Карловцях навчалося 12 закарпатців, які відзначалися хорошою дисципліною та моральними якостями. У 1930 р. в духовній семінарії в Бітолі здобувало освіту 7 чол., в Сараєві – 3 чол., в Призрені – 1 чол., в Цетині – 3 чол.

Ефективному формуванню структури православної церкви на Підкарпатській Русі у 1920-1930-х рр. перешкоджав ряд факторів. Першою причиною було те, що до 1931 р. православні вірники не мали постійного архієрея, який би проживав в межах єпархії та керував нею. По-друге серед православних існувало дві юрисдикції: сербська та константинопольська на чолі з архієпископом Савватієм (Врабец), між якими велася боротьба за вірників та храми. По-третє, уряд ЧСР, який офіційно визнав сербську юрисдикцію, хотів контролювати діяльність церкви на своїй території і відстрочував затвердження статуту. Після конкордату з Римом православні вірники були змушені повернути церкви та маєтки греко-католикам, навіть і в тому випадку, якщо в селі останніх зовсім не було.

Незважаючи на це православна церква на початок 30-х рр. ХХ ст. мала чітко сформовану структуру. На чолі Мукачівсько-Пряшівської єпархії стояв єпископ, який спирався на Єпархіальне Управління. На основі затверджених статутів православна церква одержала широку самоуправу. Міністерство культу мало право верховного нагляду над керівництвом єпархії. Єпископа іменував сербський Синод з кандидатів, яких пропонували закарпатські православні. Перед призначенням єпископа сербський Синод мав дипломатичним шляхом упевнитися, чи чехословацька влада мала якихсь застережень щодо особи кандидата. Вся територія єпархії поділялася на благочиння, яких у 30-х рр. ХХ ст. було 7. До їх складу входило 164 приходи та філіали (із них 12 на Пряшівщині), які обслуговували біля 120 священиків, у тому числі 43 ченці. В єпархії також діяло 18 чоловічих та жіночих православних монастирі і скитів. Загальна кількість православних вірників за переписом 1930 р.  112. 034 чол. Для порівняння греко-католиків було 359 166 чол.